L’équipe de recherche pluridisciplinaire de Mme la Professeur Petersen a déjà accueilli des étudiants étrangers, parmi lesquels des étudiants de Polytech Clermont-Ferrand. Et selon la Professeure Petersen, "notre expérience avec les étudiants de Polytech Clermont-Ferrand a été excellente".
Les étudiants participent à des projets en cours. Elodie a fait partie d’un projet consistant à étudier les effets d’un long traitement antibiotique chez des patients atteint de lombalgie chronique. Elle a analysé des échantillons de salive provenant de 7 personnes ayant reçu un antibiotique, l’amoxicilline et 9 échantillons de patients ayant été traités par placebo.
Le travail d’Elodie s’est focalisé sur l’utilisation de la métagénomique fonctionnelle, une méthode dans laquelle des fragments d’ADN provenant d’une communauté de microorganismes sont insérés dans une bactérie hôte dans le but d’identifier la fonction de gènes spécifiques. Par exemple, si un fragment d’ADN contient un gène de résistance à un antibiotique, cela va permettre à la bactérie hôte de croître en présence du dit antibiotique. Dans cette méthode, les fragments sont liés à des marqueurs spécifiques pour permettre l’identification des gènes de résistances aux antibiotiques lors du séquençage.
Dans ce projet, la bactérie Escherichia coli est utilisée. Elle est elle-même sensible aux antibiotiques mais devient résistante quand elle reçoit de l’ADN de microorganismes conférant une résistance à l’antibiotique.
Elodie a préparé ce matériel pour le séquençage. "Nous devons être certains que nous utilisons les cellules avec le bon fragment d’ADN (ADN provenant des microorganismes présents dans la cavité buccale). Quand nous sommes sûrs d’avoir récupéré les « bonnes » cellules, nous les déposons sur différents milieux de culture contenant un antibiotique. Si des colonies se forment sur le milieu, il y a de fortes chances qu’il y ait des résistances à l’antibiotique dans la boîte de Pétri. Une fois que les résultats de séquençage seront obtenus, nous saurons l’identité des gènes de résistance."
Elodie est rentrée en Auvergne pour finir sa formation d’ingénieure à Polytech Clermont-Ferrand, mais elle ne va pas oublier les échantillons d’aussi tôt. "J’ai hâte de connaître les résultats du séquençage ; par chance, le groupe m’a promis de m’envoyer les résultats. Je suis particulièrement excitée de savoir si de nouveaux gènes de résistance aux antibiotiques auront été découverts."
Photo : Ingar Arnodd Storfjell, OD/UiO