La formation Génie Biologique se déroule en 3 ans :
- la première année comprend les bases fondamentales en biochimie, chimie, microbiologie, génie des bioprocédés et le Tronc Commun (enseignement commun à toutes les spécialités de l'école),
- la deuxième année consiste à renforcer les compétences spécifiques du futur ingénieur (génétique – bioinformatique – immunologie) et en sciences de l'entreprise (sciences humaines et sociales, réalisation du projet GB en partenariat industriel)
- la troisième année permet une spécialisation plus poussée suivant l'option choisie, une ouverture au marché de l'emploi et à diverses thématiques du monde industriel ou de recherche (possibilité de suivre un double cursus avec différents Masters de l'Université Blaise Pascal ou un Master of Science à l'étranger).
Cinq options sont possibles (3 spécifiques Génie biologique / 2 transversales) :
- option Bioprocédés pour l’Industrie Alimentaire
- option Bioprocédés pour l’Industrie Pharmaceutique
- option Bioprocédés pour les Industries de l’Environnement
- option Energie (transversale)
- option Logistique (transversale)
Un stage obligatoire a lieu chaque année :
- découverte du monde de l'entreprise en fin de première année (1 mois)
- d'étude à l'étranger en fin de deuxième année (2 mois minimum)
- industriel de fin d'étude durant le deuxième semestre de la troisième année (5 mois)